Missione dell'ISBEM è quella di dare vita ad un polo culturale di eccellenza e di riferimento nel settore biomedico e sanitario, mediante la collaborazione integrata del Sistema Sanità con il Sistema Ricerca, con il Mondo delle Imprese, con le Fondazioni Bancarie e con le Comunità locali. Di fatto, l'ISBEM si propone quale elemento catalizzatore per chi è interessato a promuovere e condurre ricerca biomedica e sanitaria nel Mezzogiorno e nell'Area del Mediterraneo.

L'attività primaria risulta essere la Progettazione e l'Implementazione di Programmi avanzati di Ricerca e il loro sviluppo in sedi decentrate, favorendo il trasferimento e la divulgazione di nuove metodologie scientifiche (linee guida, standard, metodi di qualità, nuovi percorsi diagnostico-terapeutici) e facilitando l'introduzione di nuove tecnologie fornendo supporto tecnico-scientifico alle amministrazioni sanitarie locali. 

Gli obiettivi specifici dell'ISBEM sono:

1. Realizzare un polo scientifico avanzato per attivare ricerca, sviluppo e formazione nel settore biomedico e sanitario;

2. Favorire l'integrazione tra sistemi contigui mediante la ricerca biomedica (clinica, epidemiologica, gestionale), avvicinando ricercatori, operatori sanitari ed industriali, mediante la sperimentazione sul campo e la validazione scientifica delle innovazioni;

3. Incrementare il tasso dei progetti scientifici nel Mezzogiorno e potenziare il trasferimento delle conoscenze, facendo leva sulle competenze acquisite e sulle disponibilità esterne attivabili.